Ernesto Zedillo transformó el sistema electoral después de la sucesión más conflictiva por el asesinato de Luis Donaldo Colosio y otros acontecimientos registrados en 1994. En el pasado la presidencia del Instituto Federal Electoral (IFE) recaía en el secretario de Gobernación. En ese carácter fungieron Fernando Gutiérrez, Patrocinio González, Jorge Carpizo, Esteban Moctezuma y Emilio Chuayffet. La reforma zedillista de 1996 excluyó al Gobierno del IFE y ese mismo año el Congreso, con el voto de las dos terceras partes de los diputados, eligió a los primeros consejeros electorales y a quien sería presidente, José Woldenberg. El IFE ganó prestigio internacional por haber organizado las elecciones de 2000, cuyo resultado fue la alternancia. El PRI perdió el poder con votos y no a balazos como lo había obtenido.
El IFE fortalecido por Zedillo y dirigido por Woldenberg ha sido el mejor árbitro comicial. Luis Carlos Ugalde renunció a la presidencia del organismo junto con varios consejeros después de las elecciones de 2006, resueltas en favor de Felipe Calderón por una diferencia dudosa de 0.56%. El margen más estrecho en la historia democrática del país, a pesar de que el presidente Vicente Fox, la maquinaria estatal y los poderes fácticos se volcaron contra el candidato del PRD, Andrés Manuel López Obrador. Calderón respondió a la presión política y social con un paquete de reformas tendentes a «asegurar condiciones de equidad y civilidad en las campañas electorales», lo cual se logró a medias.
Andrés Albo y Leonardo Valdés pasaron por la presidencia del IFE sin pena ni gloria. Las denuncias contra el candidato presidencial del PRI, Enrique Peña, por exceder los gastos de campaña, y la intromisión del poder económico en las elecciones de 2012, provocaron nuevos cambios a la Constitución y la transformación del IFE en INE (Instituto Nacional Electoral) con nuevas funciones y mayor cobertura. El presupuesto del organismo se disparó y el número de consejeros aumentó de nueve a once. En esa etapa, el PRI, el PAN y el PRD en menor medida se repartieron los asientos del consejo general presidido por Lorenzo Córdova.
Si al IFE le correspondieron las alternancias de 2000 y 2012 entre el PRI y el PAN, con el INE se llevó a cabo la tercera y más radical, pues las encabezadas por Fox y Peña Nieto (y entre ellos Calderón) no cambiaron ni un ápice el modelo neoliberal. El triunfo rotundo de López Obrador y de Morena no dio margen a la impugnación ni a la componenda como sí ocurrió con Calderón y con Peña, cuyo déficit de legitimidad los convirtió en rehenes de la partidocracia y de los grupos de poder. La reforma electoral frustrada de AMLO pretendía, según su enfoque, liberar al INE de influencias externas, reducir el gasto exorbitante y dejar de subsidiar a los partidos cuando no hay elecciones.
El desempeño de Córdova fue aceptable, pero el sistema comicial adolece de vicios todavía. La compra e inducción del voto, el gasto de campañas por encima de los topes legales, el financiamiento paralelo de las grandes empresas e incluso del crimen organizado y la falta de equidad vulneran la voluntad ciudadana y afectan los resultados. Córdova se envolvió en su orgullo y en la bandera del INE para plantar cara al presidente por la reforma y otras iniciativas de la 4T. Ganó simpatizantes, pero también detractores. El 14 de abril, estudiantes de la UNAM realizaron una marcha para vetarlo como maestro. Las circunstancias le impidieron estar a la altura de Woldenberg. Cometió errores y tuvo desplantes, mas no por ello debe ser objeto de linchamiento.